Později Američané za podpory proti-tálibánské Severní aliance svrhli vládnoucí Tálibán. To byl však jen začátek krvavých bojů proti povstaleckým jednotkám, které se těší podpoře především na venkově a na jihu země. Silná povstalecká protiofenziva Spojence zaskočila a mudžáhidům se podařilo postupně získat zpět kromě svých tradičních bašt na jihu a východě země též sever a západ Afghánistánu.

Právě sever Afghánistánu býval přitom silně protitálibánský. Kromě podpory obyvatel mají Tálibové na své straně také výbornou znalost hornatého a těžce přístupného terénu.

Cílem mise NATO ISAF je vypořádání se s povstalci, nastolení míru, ochrana obyvatelstva (což komplikuje rostoucí množství civilních obětí jednotek NATO), rekontrukce zničených oblastí, výcvik afghánské policie a armády a pomoc s ustanovením státní samosprávy.

V rámci mise NATO ISAF se konfliktu v Afghánistánu zúčastnilo 47 států. Samotná mise byla vytvořena na Bonnské konferenci v prosinci 2001. Největší kontingent mají v Afghánistánu USA, kolem 100 000 vojáků. Jejich stahování by mělo začít v červenci 2011. NATO předpokládá předání moci do rukou afghánské samosprávy v roce 2014.

Situaci Američanů a jejich spojenců příliš nepomohlo ani zveřejnění tajných dokumentů a depeší serverem WikiLeaks, které obsahují i jména afghánských spolupracovníků.

Česká armáda má v Afghánistánu jednotku Vojenské policie, Jednotku chemické a biologické ochrany, jednotku svičící afghánské piloty, vrtulníkovou jednotku, provinční rekonstrukční tým a jednotku cvičící prapor afghánské armády. Jejich působnost v Afghánistánu je plánována minimálně do roku 2013.

Dobýt Afghánistán se nepodařilo v minulosti Sovětům, kteří proti mudžáhidům podporovaným americkou CIA vedli devět let trvající a vyčerpávající válku. Právě obrovské lidské a finanční náklady byly podle některých historiků jedním z důvodů následného rozpadu Sovětského svazu.